2010/08/31 追記
現在は、下記ページを参考にするとよいです。
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開発ブログ「/さくらのスタンダードで複数ドメイン運用」
または
SOY CMSフォーラム
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【環境の条件】：さくらインターネット スタンダードプラン
SOY CMSをインストールし、１つめのサイトを作る。
/home/hoge/www の直下に ダウンロードした「soycms」をアップロード。
※ルートディレクトリの直下にCMSのディレクトリはアップロードしなければならない。
http://自分のドメイン/soycms/admin にアクセスし、インストール開始。
これで１つめのサイトを作成。
ここまでは通常の流れ。
問題は、別ドメインで、もう１つのサイトを作る場合・・・。
SOY CMSにログインし、もう１つサイトを作成。
その後、サイトの詳細で２つめに利用するドメインのURLを設定。
最後に、
以下の「.htaccess」を対象のディレクトリにアップ。
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RewriteEngine on
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d
RewriteCond %{HTTP_HOST} 【使用したいドメイン】
RewriteRule ^(.*)$ /index.php?pathinfo=$1&%{QUERY_STRING}
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※mod_rewrite で制御とのこと。
参考：http://www.soycms.org/viewtopic.php?f=6&t=36#p76
自分用の備忘録なので、わかりにくくてすみません(^^;
